目前，全国未通过GMP认证的药品生产企业已全部停产，GMP认证工作取得了阶段性成果。但目前GMP工作还面临两大问题：阶段性的认证工作还没有完全结束，今年将开展《药品生产许可证》统一换发工作；未通过GMP认证企业或车间取消生产资格的处理问题。对此，郑筱萸强调，要按照SFDA的统一要求，坚持GMP标准不降低，坚决将不符合要求的企业淘汰出局，并积极做好善后工作。
同时，郑筱萸肯定了GMP认证工作已经取得的成绩，并指出，实施GMP是一项长期的工作，完成第一轮的监督实施阶段性目标，只是有了一个良好的开端。第二轮的工作应该放在巩固提高，重点在软件管理上。前一阶段的GMP实施工作还存在重硬件、轻软件的倾向，在管理水平的提高上下的工夫不够。最突出的是一些企业重认证，轻管理，出现了不少企业认证后管理滑坡、要求放松等问题。郑筱萸要求在第二轮的工作中，要着手修订GMP标准，积极研究探索我国GMP的发展方向，强调GMP的持续改进性，完善GMP 认证制度，提高GMP实施水平，逐步与发达国家接轨。同时，要加大对认证企业的跟踪检查力度，并结合诚信体系建设，建立企业动态监管的长效机制。此外，要按照计划继续推进体外诊断试剂、医用氧和中药饮片等类别药品实施GMP的认证工作。
