1998年3月，九届全国人大一次会议通过了国务院机构改革方案，决定合并经贸委下的国家医药管理局、卫生部的药政局和中医药管理局的职能，成立国家药品监督管理局，隶属国务院。该局承担药品从研制、审批、生产到销售的全方位监管职能。4月16日，国家药品监督管理局正式挂牌，原国家医药管理局局长郑筱萸任局长。自此，全国7000多家药品生产企业、16000多家药品批发公司、60000多家药品零售企业，全部归属国家药监局监管。

    2003年3月，经十届全国人大一次会议批准，国家药监局再次扩权，将食品、化妆品和保健品的审批管理权纳入帐下。记得在2003年两会期间，健康时报记者采访一位药企的委员，他说：下一步，药监局还要把农药管起来。

    事实上，食品还是由质检、农业、工商等部门管辖。药监局几乎有名无实。

    2002年，药监系统腐败问题初现，浙江省药监局原局长周航、国家中药品种保护审评委员会办公室原主任韩白石、原副主任毕可展因收受贿赂被判刑，成为药监局成立后首批被公开查处的贪官。

    2005年7月8日，药监局医疗器械司原司长郝和平被刑拘；10月，中国药学会咨询培训部原主任刘玉辉被立案调查；11月，广州天之骄药物开发公司原总裁张平被刑拘，交待出一批涉嫌行贿受贿的官员及专家名单。

    2006年1月12日，国家药监局药品注册司原司长曹文庄被立案调查，化学药品处原处长卢爱英、国家药典委员会原常务副秘书长王国荣一同落马。

    2006年12月22日，郑筱萸被“双规”。几天之后，辽宁省药监局局长张树森亦被逮捕。

    随后，广东佰易人免疫球蛋白事件爆发……

    2007年5月16日，北京市第一中级人民法院判处郑筱萸死刑。7月10日上午，郑筱萸被执行死刑……

    尽管在郑筱萸的治下，药品管理已经混乱到令人发指的地步，但大家也都知道，郑筱萸个人是埋不了整个国家看病贵的账单，人们对药监局确保食品药品质量安全的能力和公信力已经产生了怀疑。成立“大卫生部”、“健康委员会”、“卫生委”的声音也开始逐渐强烈起来。

    2006年全国两会上，原卫生部副部长朱庆生等政协委员提出，国家应该将医药统一管理，成立国家卫生工作委员会。当时有人认为，此提案是对国家食品药品监督管理局药品监管不力的一种反映。

    结束10年“独立”生涯：能否成为解决“看病贵”的一剂良药？

    2008年3月15日，十一届全国人大一次会议第五次全体会议，通过了国务院机构改革方案，国家食品药品监督管理局改由卫生部管理，调整食品药品管理职能，卫生部负责组织制定食品安全标准、药品法典，建立国家基本药物制度；国家食品药品监督管理局负责食品卫生许可，监管餐饮业、食堂等消费环节食品安全，监管药品的科研、生产、流通、使用和药品安全等。

    至此，“独立”才10年的国家食品药品监督管理局，又回归卫生部管理。