慧聪制药网

6天极速诊断遗传病!智因东方推出加急模式

http://www.pharmacy.hc360.com2018年07月09日13:46 来源:新浪医药T|T

    2018年7月初,中国遗传病精准诊断技术的代表性公司——智因东方(原德易东方)发布了全球首家第三方遗传病精准诊断技术服务的加急模式,可将原先1~3个月的基因检测分析的漫长周期压缩到6~10天,极限情况可以在6天内完成。

    遗传病种类繁多,疾病之间表型重叠,容易混淆,常规诊断很难,故常被称为“疑难杂症”。随着近年来高通量测序(NGS,Next-generationsequencing)技术的应用,疑难遗传病诊断的难度有所降低了,但检测和分析周期往往长达1~3个月,仍然难以满足实际临床需求。本次智因东方推出的加急模式,将有助于帮助医生大幅缩短遗传病诊断周期。

    智因东方的加急模式的特点是:

来自网络

来自网络

    检测范围全面

    智因加急模式颠覆了传统诊断的试错模式,采用至少基于患者及其父母等家系成员在内的全外显子组测序(trioWES),还可以包括全家系的拷贝数变异检测(trioCNVseq),甚至包括全家系的非编码区测序等检测策略,一步到位,全面覆盖,避免应用panel反复试错带来的费用高、周期长等弊端。以下是关于这个检测策略设计相关的几个要点:

    1.为何要检测全外显子而非Panel或临床外显子?

    因为人类每年都能新发现几百种遗传病,应用Panel或临床外显子(ClinicalExome,也称“医学外显子”)很可能因检测范围不全而存在漏检,另一方面检测全外显子(WES)能给患者提供阴性结果的回顾性分析的机会,而Panel及临床外显子则不能。在检测价格相差不大甚至倒挂的情况下,选择全外显子更能体现“PatientFirst”理念。

    2.为何要用trio模式(先证者+父母的核心家系成员均做高通量测序)?

    因为trio模式可以一步到位判断基因变异是否符合遗传学共分离原则,从而在诊断速度上远超先证者模式(仅检测先证者,再用一代测序验证父母)。

    3.为何要检测CNVseq?

    因为有10-20%的疾病是由大片段(>500k)的拷贝数变异(CNV,CopyNumberVariations)而来,有些致病区域未必在外显子范围,所以CNVseq以其检测范围全面(全基因组)和数据高度均衡(省略了全外显子等捕获测序的PCR过程带来的拷贝数失真)而独具优势。

    4.为何要检测已知疾病的非编码区?

    因为这部分的变异是全外显子测序所不包括的,但有可能与疾病发生相关。

    变异形式全面

    不仅检测范围全面,为避免漏检,智因加急模式还可以同时涵盖检测分析小、中、大三类基因变异形式,即分别是点突变、基因内部外显子缺失重复、CNV及单亲二倍体(UPD,uniparentaldisomy)。

    其中智因独有的全外显子分析流程,可以全面分析二万个基因内部的外显子缺失重复。

    智因CNVseq不仅可以在CNV分析的准确性上不输于CMA芯片,而且结合全外显子可以精准分析UPD。

    此外,智因加急模式甚至还包括针对特定疾病的整体解决方案,涵盖mtDNA测序、三碱基重复检测等。这样可以尽最大可能提高一次检出率,满足加急诊断的需求。

    数据质量高

    当前有越来越多的证据表明Sanger测序(或称一代测序)对于NGS检出的杂合变异和嵌合体变异,常常会给出假阴性的验证结果。

    智因加急模式的全外显子测序整体测序深度高达200~300X,40~60X以上覆盖度超过99%,不仅绝大多数的杂合变异的可信度高于Sanger测序,还能检测出很多低丰度嵌合体,这也是一代测序所难以检测到的。提升NGS数据的质量和NGS结果的可信度,使得一步到位的快速诊断成为可能,而无需完全依赖于Sanger测序验证结果。

    精准到位的临床诊断级数据注释

    NGS数据分析是遗传病精准诊断中最费时的环节,要从WES数据中的几十万个变异中“大海捞针”般找到致病突变,在过去需要漫长的人工分析时间。

    智因东方凭借其独创的遗传病三要素数据分析注释平台,可在全外显子测序检出的数十万个变异中,精准挑选出几乎唯一的致病突变,并结合临床表型给出相对贴近临床诊断的结果,整个过程可以在数分钟内全自动完成。

    这一自动注释体系,不仅可以全自动给出每一个变异的ACMG致病评级,还能结合智因东方独有的万人级遗传病患者表型+全外显子组大数据,给出每一个变异分别在患者大数据中和正常人大数据中的频率,并且对于在患者中相对富集的变异,还能进一步给出携带该变异的患者群体的表型聚类信息,对变异是否致病给出“真实世界证据”。

    智因平台所提供的全自动的临床诊断级数据注释,极大程度降低了人工分析的难度和时间,为进一步缩短诊断周期创造了条件。如果把遗传病精准诊断比作一场球赛,那么智因东方所实现的从NGS实验到数据临床诊断级注释的过程,就好比从后场发起进攻,直到创造了点球机会。最后一步就是由人工结合更多临床信息,配合医生做出最终诊断,完成最后的“临门一脚”。

    近乎极致的高检出率

    上述全面的检测范围,覆盖全面的变异形式,加上高质量的测序,精准到位的临床诊断级数据注释,最终体现为对高检出率的极致追求。

    极高的性价比

    对于如此庞大的检测策略(测得全),如此高的数据质量(测得深且准),如此极速的检测分析周期,通常意味着高昂的价格,但智因东方通过优化各环节效率以降低加急模式的成本,并将节省下来的成本回馈社会,提供高性价比的加急模式检测服务,力求让绝大多数患者家庭都能承担得起。

    近年来国外陆续出现缩短遗传病精准诊断周期的报道,但那些案例仅限于个案报道,而非通用流程,无法满足众多患者的需求。而本次智因东方发布的加急模式则是通用流程,所有应用这一流程的患者都有可能从中获益,从而得到快速诊断的机会。

责任编辑:郭振玲

免责声明:凡注明来源本网的所有作品,均为本网合法拥有版权或有权使用的作品,欢迎转载,注明出处。非本网作品均来自互联网,转载目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责。

十大评选人物访谈热点事件更多>>

一周话题人物 [人物关注排行榜]

[陈启宇] 复星医药是怎么投资医院的
复星医药与浙江省台州市立医院合建的医养结合项目获得批复,复星医药计划直接投资6亿元建设医院[详细]
[闫凯境] 从一品独大到全线开花
复方丹参滴丸成为一个响当当的大品牌后,天士力多个后续产品开始发力,其内生性增长驱动力日渐强大。[详细]
[杨杰] 领军儿童药
全线退出糖尿病、心血管等用药领域销售,决然以儿童药为其全力以赴的战略方向[详细]

资讯中心 产业研报 企业中心 人物中心 产品微门户

企业媒体关注榜

话题人物排行榜

1 白慧良 中国非处方药物协会 会长
白慧良
中国非处方药物协会 会长
2 齐谋甲 国家医药管理局 原局长
齐谋甲
国家医药管理局 原局长
3 于明德 中国医药企业管理协会 会长
于明德
中国医药企业管理协会 会长
4 付明仲 国药控股有限公司 总经理
付明仲
国药控股有限公司 总经理
5 房书亭 中国中药协会 会长
房书亭
中国中药协会 会长
6 高祥友 山东鲁抗医药集团有限公司 董事长
高祥友
山东鲁抗医药集团有限公司 董事长
7 刘燕 湖南千山制药机械股份有限公司 副总经理
刘燕
湖南千山制药机械股份有限公司 副总经理
8 刘晨 北京英茂药业有限公司 副总经理
刘晨
北京英茂药业有限公司 副总经理
9 刘国庆 湖南汇一制药机械有限公司 高级工程师
刘国庆
湖南汇一制药机械有限公司 高级工程师
10 赵毅新 山东新华医疗器械股份有限公司 董事长
赵毅新
山东新华医疗器械股份有限公司 董事长
收起